千年前，一场突如其来的地幔柱事件爆发，让整个星球都再次陷入了大灭绝中，岩浆、酸雨、毒气、缺氧……反复无常的自然灾害让幸存的人们被分割成了数个大小不一的避难所，并独自发展了长达上千年。

当沉寂多年的岩浆活动再次复苏，为了寻找一片足以长久生存的绿洲，0号避难所的王牌探测员“孤城”奉命穿越灭绝区，重新记录下与人类隔绝了千年的新地球，并与其他避难所建立联系。

然而临行前，她却被要求带上一个被封闭在数据罐中的神秘少女，对方声称自己来自一千年前，是未曾被灭绝所侵害的旧人类。

随着对末日世界进一步探索，臆想中的和平也终于梦碎，各方势力为了争夺仅存的资源而大打出手；与此同时，正在寻找世外桃源的孤城，收到了一个来自千年以前的回声……

“去吧，无畏的探索者，你将成为千年后第一个走遍新世界的人类。”